1978-ban a Kosztolányi téri csövesek közé mentünk néhányan a Budafoki Baptista Gyülekezet tagjai közül a személyes kapcsolatteremtés céljából. A segítő munkát ettől kezdve szerveztük meg.

1984-ben néhány gyülekezeti tag Tea Klub programot nyitott a magányosok és a szabadulásra vágyó szenvedélybetegek számára. Anyagi kiadásainkat magánszemélyek adományaiból fedeztük.

1985-ben a Lares Humánszolgáltató Kisszövetkezet Menedék Csoportjává alakultunk, majd 1986. december 1-től Alapítványként működünk. 1988. január 8-tól önálló jogi személy vagyunk.

2008-tól a bodrogi intézmények fenntartását a helyi „Jó az Úr” Bodrogi Baptista Gyülekezet vette át.

2018-tól a budafoki és kiskunmajsai intézmények fenntartója a Baptista Menedék Szolgálat egyházi jogi személy.

A Menedék Alapítvány, a „Jó az Úr” Bodrogi Baptista Gyülekezet és a Baptista Menedék Szolgálat önálló szervezetek, azonban partneri együttműködésben dolgoznak a Menedék alapítói céljainak megvalósulásáért.

Költségeink fedezete Isten gondviselése, magánszemélyek, gyülekezetek és gazdálkodó szervek adományai révén, valamint pályázatokon keresztül valósul meg.

A hazai szociális háló részeként mi is jelentős normatív támogatást kapunk intézményeink működtetéséhez.